Bercerita saat masa kecil Molly (Mandeiya Flory), 23 tahun sebelumnya di Brooklyn. Saat itu ia pertama kali bertemu alien dan menyaksikan agen MIB. Momen itu membuat Molly terobsesi dengan alien dan antariksa, bahkan hingga dia dewasa (diperankan Tessa Thompson). Ketertarikan kuat itu akhirnya benar-benar membawa Molly ke markas besar MIB dan mempertemukannya dengan Agen O (Emma Thompson) yang memberinya misi perdana. Usaha keras dan obsesi Molly, dipanggil sebagai Agen M, dapat dilihat sebagai usaha pekerja baru yang berada dalam masa penyesuaian. Ada saja kelakuan canggung yang menggelitik. Kaku, planga-plongo menyaksikan teknologi di markas MIB, tapi sekaligus berusaha tampil anggun dan profesional.